原文來源：量子位

圖片來源：由無界 AI生成

用擴散模型預測化學反應，速度直接暴漲1000倍,！

原本需要用計算機硬算幾小時甚至一天,，現在單個GPU用6秒鐘就能搞定。

這是MIT和康奈爾大學聯合搞出來的一項新研究,，用擴散模型來預測化學反應中最關鍵的過渡態(tài)結構,，不僅計算速度提升1000倍，結果也竟然意想不到得準確,，相關研究工作發(fā)表在Nature Computational Science上：

其中,，麻省理工學院的段辰儒博士是第一加通訊作者,。此外，康奈爾大學博士生杜沅豈,、麻省理工學院博士生賈皓鈞以及麻省理工學院Heather Kulik教授為該論文的共同作者,，目前研究已經被MIT News報道。

要知道，預測反應中的過渡態(tài)結構遠非想象中簡單——

由于能量較高,，它存在的時間往往只有飛秒級，即秒的千萬億分之一,。

因此,，目前還沒有一臺實驗設備能直接觀察它，只能通過量子化學計算的方式來預測，計算量少則幾小時,，多則數天,。

如今用擴散模型就能得到幾乎一樣的預測結果,，這究竟是怎么做到的？

進一步地,，用AI預測化學反應,，又究竟可以被應用在哪些領域、起到哪些作用,？

我們和論文的其中兩位作者,，來自MIT的段辰儒和康奈爾大學的杜沅豈聊了聊，探討了一下這項研究具體的原理,、背后潛在的應用方向以及關于AI for Science的一些思考,。

如何用擴散模型預測化學反應？

首先,，需要理解為啥過渡態(tài)是研究化學反應的關鍵,。

自遠古的“煉金術”以來，化學一直是一門了解和控制物質之間相互作用的學科,，化學反應又是其中非常核心的概念,。

通常來說,，一個化學反應由三個東西組成：反應物、生成物和過渡態(tài)結構,。

反應物和生成物大家都很熟悉了（如氫氧生成水）,，但實際上,，二者之間的過渡態(tài)才是解釋化學反應的關鍵——

作為化學反應過程中能量最高的狀態(tài)，過渡態(tài)既能用來理解化學反應的機理,、也能估算反應速率和能量,。

一言以蔽之，要想真正搞懂,、設計,、優(yōu)化并調控一個化學反應，就必須從過渡態(tài)結構下手,。

所以,，過渡態(tài)結構究竟要如何研究,，又為什么需要用AI來做預測？

研究過渡態(tài)結構,，不能只用分子結構來分析,，而要更進一步研究它的3D構象。

分子結構,，指為了便于理解化學反應,，會人為構造出單雙鍵這樣的概念，并用鍵合關系,、原子種類和數量來表示化學反應,。

但要想真正精確計算化學反應的速率和能量，就必須要研究原子在3D空間中的位置關系（用3D坐標表示）,，即3D構象,。只有對比原子在3D空間中的位置關系，才能進行量化分析,，從而預測反應發(fā)生的過程,。

然而,，相比反應物和生成物，過渡態(tài)存在的時間非常短,，甚至只有飛秒量級,。

受限于實驗設備精度，過渡態(tài)結構無法用肉眼直接觀察,，此前只能通過量子力學方法——薛定諤方程來計算,。

薛定諤方程，量子力學中的基本方程,，描述粒子在某段時間內的狀態(tài)如何變化,。

BUT，手搓薛定諤方程計算量巨大,，一個苯環(huán)的化學反應可能都需要算上一周時間,，尤其隨著體系增大（原子數量變多等），計算量更是呈現出指數級增長的趨勢,。

雖然后來出現了密度泛函理論（DFT）等近似方法加速計算,，但算起來還是很慢、有時候甚至因為收斂性的問題導致計算不出來,，“成本很昂貴,，出錯率還高”。

為此,，來自MIT和康奈爾大學的研究人員，想到用AI的方法來直接預測過渡態(tài)結構,，以節(jié)省計算量。

之所以選用擴散模型,，據杜沅豈介紹,，主要有三點原因：

其一，生成效果好,。相比GAN,，VAE等模型，擴散模型算是生成模型中效果較好的架構,。
其二,，更適合3D構象。相比分子結構是離散的數據,，3D構象是一個連續(xù)的數據,，且結構上涉及（平移、旋轉和置換）對稱性,。
對于離散數據而言,，基于機器學習+搜索的模型會比現有的（離散）擴散模型效果更好；但對于3D構象而言,，無論是其對稱性還是用連續(xù)數據表示,，反而更適合用擴散模型生成。
其三,，擴散模型自身的靈活性,，使得它可以在生成時，保留一部分原有設計,、填補剩余的部分,，也使得它對于設計新的化學反應更有幫助。

具體到架構設計上,，作者們將等變GNN融入到擴散模型中,，設計了一種名叫OA-ReactDiff的結構，其中等變GNN能很好地處理并保留數據的對稱性,。

所以，OA-ReactDiff的效果究竟如何,，或者說相比其他AI最大的亮點究竟是,？

段辰儒表示,，這項研究最核心的亮點主要有兩個。

一個是預測準確性上,，OA-ReactDiff的準確性超過了之前的一系列AI模型,。

作者們選用了Transition1x作為數據集，這個數據集包含10073個化學反應,，每個化學反應分別包含反應物,、生成物和經過量子化學計算的過渡態(tài)結構，整個體系不超過23個原子,。

這其中的9000個化學反應用作模型訓練,，1073個作為測試集，最終實現了0.183?（1?=0.1納米）的平均均方根偏差和0.076?的中位數均方根偏差,。

相比于其他機器學習方法如PSI-based和NeuralNEB,，OA-ReactDiff準確性都要更高,。

與此同時，在沒有刻意訓練的情況下,，OA-ReactDiff在更大的體系上也表現出了良好的預測能力,。

另一個是預測速度上，OA-ReactDiff相比現有的計算方法,，至少能快上1000倍,。

這是因為，原本密度泛函理論算法的時間復雜度在O(N3)級別,，但現在基于OA-ReactDiff的方法,，直接將時間復雜度降低到O(N2)。

反映到現有數據集上,，原本需要計算幾小時甚至一天的化學反應,，現在用OA-ReactDiff，只需要6秒鐘就可以搞定,。

進一步地,，體系越大的化學反應，用擴散模型做預測的提速效果還會越好,。

不過,，這項研究究竟能被用在哪些地方呢？

我們也問了問兩位作者關于這項研究潛在的應用,、以及對于“用AI搞科學研究”這件事本身的看法,。

可用于燃料藥物輔助設計

對于研究本身，段辰儒認為主要有三個方面的作用。

最直觀的一方面,，自然是催化劑的設計了,。

這也是研究人員接下來想要繼續(xù)探索的方向，即繼續(xù)擴展模型本身,，加入催化劑等條件,，并用AI來預測過渡態(tài)。

而在研究催化劑的基礎上,，又能進一步輔助燃料設計和新藥開發(fā),。

以燃料為例，雖然涉及的燃燒反應體系往往不大,，但發(fā)生反應的過程卻極易被環(huán)境和條件影響。

因此,，如果用AI來輔助預測化學反應的過程,，或許能更快基于不同燃料發(fā)生反應的環(huán)境條件來預測效果。

這樣一來,，對于能源行業(yè)甚至航天行業(yè)也會產生進一步的影響,。

最后,，就是模擬自然界化學反應，來幫助開發(fā)新的理論研究,。

像是模擬地球生命早期可能發(fā)生的反應,、或是探索行星氣體之間的相互作用等，通過用AI預測過渡態(tài),，也可能更快發(fā)現或驗證新的理論,，探究生命起源的意義。

聽起來,，AI似乎已經給化學研究帶來了不少新的突破,。

結合這段時間AI在生物制藥（AlphaFold2）、以及材料學（GNoME）上取得的種種突破,，對于生化環(huán)材這一系列理論學科而言,，AI是否已經成為了新的技術主流路線？

更激進一點來說,，對化學本身而言,，未來AI是否會取代一部分現有的量子化學研究？

對此,，兩位作者均持有相同的觀點,，即AI（至少就監(jiān)督模型而言），現階段對于這些學科的影響力依舊是一種工具,，而并非一條全新的技術路徑,。

這是因為,，目前生化環(huán)材任何一個學科借助AI輔助研究的前提，依舊是已經有了一定的理論,，而AI作為工具起到的是“錦上添花”的作用,。

換言之，AI與這些學科的其他研究方法依舊是共存關系,，并不會出現“替代”的情況,。段辰儒對此做了一個有意思的比喻：

如果化學學科好比一個夾饃，機器學習方法和各種現有的化學方法,，就是不同的食材,。那夾饃里面可以夾肉，也可以夾其他的菜,。

以近期大火的Google Deepmind研究GNoME為例,，就是一個很好的“AI當工具人”的例子。

杜沅豈認為,，如果從ML專業(yè)的角度去看待GNoME中涉及的AI方法,，會發(fā)現它其實并不是最新的東西，像是其中涉及的幾何深度學習,，已經是這幾年比較流行的研究方向,。

但如果從材料學科的角度去看，這樣大規(guī)模,、高通量的穩(wěn)定材料搜索,，肯定還是有相當的科學意義在其中：

AI for Science本身，其實更側重的是“Scientific Discovery”,，它更大的意義在于科學發(fā)現,。

而段辰儒認為，從應用的角度而言,，無論是材料發(fā)現,，還是預測化學反應，最終用AI去加速落地的宗旨依舊是“有用”二字：

正如這屆NeurIPS AI4Science的workshop主題一樣,，“從理論到實踐“,。我認為這是AI4Science后面十年的必經之路，也是AI4Science的中期使命,。

像OA-ReactDiff接下來的目標是找到一個可以應用的路徑一樣,，GNoME發(fā)現220萬穩(wěn)定材料也只是應用的一個起點，接下來還需要很多的標準（如導熱,、導電等）,，才能讓化學和材料真正在某一行業(yè)“發(fā)光發(fā)熱”。

文章鏈接：C. Duan*, Y. Du, H. Jia, and H. J. Kulik, “Accurate transition state generation with an object-aware equivariant elementary reaction diffusion model”, Nat. Comput. Sci., ASAP, https://rdcu.be/dtGSF;?https://www.nature.com/articles/s43588-023-00563-7