龔健雅院士
用超算篩選“好豬”基因
近日,，華中農業(yè)大學教授趙書紅帶領團隊與華為合作，利用自主開發(fā)的育種大數(shù)據(jù)分析軟件HIBLUP（中文名為“天權”）以及位于光谷的武漢超算中心算力,，為豬種子選手快速“排隊”,，傳統(tǒng)工具需要消耗數(shù)周或數(shù)月才能完成的計算量，1小時內就能完成,。
趙書紅介紹,，有的豬抗逆，但長得慢,，肥肉多,；有的豬生長快、瘦肉率高,，這種差異從根本上是由基因組的差異造成,。最早，科學家只能通過單個分子標記的檢測尋找基因組的差異,，效率很低,。
后來，豬基因組序列破譯,，邁入基因組育種時代,。趙書紅這樣介紹團隊的工作：“基因組育種就好比是用大數(shù)據(jù)為優(yōu)秀‘種子選手’評分排隊。”
“排隊”的數(shù)據(jù)量和計算量有多大呢,？育種公司的種豬會用基因芯片檢測幾萬個位點，這樣的基因芯片,，大型育種企業(yè)每年會用上幾萬到十幾萬張,，隨著數(shù)據(jù)的不斷積累，幾十萬甚至上百萬個體的基因組數(shù)據(jù)會用于大規(guī)模方程求解,，從而評估種豬的育種價值,。信息越多、利用得越好,，種子選手的排序就越正確,。
趙書紅表示，只有“算”得快,、“算”得準,，才能盡快“找”到屬于我們自己的優(yōu)秀種豬，快速提升我國生豬核心種源性能,。
她的團隊開發(fā)的天權，可高效處理百萬級群體,、千萬級分子標記,，插上位于光谷的武漢超算中心的算力翅膀，在育種效率競賽中加速“奔跑”,。
近日,，在新投用的武漢超算中心算力平臺上，華農“天權”育種計算工具進行了計算速度評估測試,，結果顯示,，在基因組育種大數(shù)據(jù)計算的多個任務上性能指標均優(yōu)于傳統(tǒng)x86算力平臺，達到業(yè)界領先水平,。
后續(xù)該工具還將借助武漢超算的算力基建持續(xù)聯(lián)合優(yōu)化,，加速基因組育種計算領域的創(chuàng)新突破。
來源 | 湖北日報,、長江日報
編輯 | 張希祉
編審 | 龍大虎
審核 | 肖輝
出品 | 光谷融媒體中心
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