龔健雅院士
用超算篩選“好豬”基因
近日,，華中農(nóng)業(yè)大學(xué)教授趙書紅帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)與華為合作，利用自主開發(fā)的育種大數(shù)據(jù)分析軟件HIBLUP（中文名為“天權(quán)”）以及位于光谷的武漢超算中心算力,，為豬種子選手快速“排隊(duì)”,，傳統(tǒng)工具需要消耗數(shù)周或數(shù)月才能完成的計(jì)算量，1小時(shí)內(nèi)就能完成,。
趙書紅介紹,，有的豬抗逆，但長(zhǎng)得慢,，肥肉多,；有的豬生長(zhǎng)快、瘦肉率高,，這種差異從根本上是由基因組的差異造成,。最早，科學(xué)家只能通過單個(gè)分子標(biāo)記的檢測(cè)尋找基因組的差異,，效率很低,。
后來，豬基因組序列破譯,，邁入基因組育種時(shí)代,。趙書紅這樣介紹團(tuán)隊(duì)的工作：“基因組育種就好比是用大數(shù)據(jù)為優(yōu)秀‘種子選手’評(píng)分排隊(duì)?！?/p>
“排隊(duì)”的數(shù)據(jù)量和計(jì)算量有多大呢？育種公司的種豬會(huì)用基因芯片檢測(cè)幾萬(wàn)個(gè)位點(diǎn),，這樣的基因芯片,，大型育種企業(yè)每年會(huì)用上幾萬(wàn)到十幾萬(wàn)張,，隨著數(shù)據(jù)的不斷積累，幾十萬(wàn)甚至上百萬(wàn)個(gè)體的基因組數(shù)據(jù)會(huì)用于大規(guī)模方程求解,，從而評(píng)估種豬的育種價(jià)值,。信息越多、利用得越好,，種子選手的排序就越正確,。
趙書紅表示，只有“算”得快,、“算”得準(zhǔn),，才能盡快“找”到屬于我們自己的優(yōu)秀種豬，快速提升我國(guó)生豬核心種源性能,。
她的團(tuán)隊(duì)開發(fā)的天權(quán)，可高效處理百萬(wàn)級(jí)群體,、千萬(wàn)級(jí)分子標(biāo)記,，插上位于光谷的武漢超算中心的算力翅膀，在育種效率競(jìng)賽中加速“奔跑”,。
近日,，在新投用的武漢超算中心算力平臺(tái)上，華農(nóng)“天權(quán)”育種計(jì)算工具進(jìn)行了計(jì)算速度評(píng)估測(cè)試,，結(jié)果顯示,，在基因組育種大數(shù)據(jù)計(jì)算的多個(gè)任務(wù)上性能指標(biāo)均優(yōu)于傳統(tǒng)x86算力平臺(tái)，達(dá)到業(yè)界領(lǐng)先水平,。
后續(xù)該工具還將借助武漢超算的算力基建持續(xù)聯(lián)合優(yōu)化,，加速基因組育種計(jì)算領(lǐng)域的創(chuàng)新突破。
來源 | 湖北日?qǐng)?bào),、長(zhǎng)江日?qǐng)?bào)
編輯 | 張希祉
編審 | 龍大虎
審核 | 肖輝
出品 | 光谷融媒體中心
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