中新網(wǎng)北京5月9日電 (記者 孫自法)國際著名學術期刊《自然》最新發(fā)表一篇結構生物學論文稱,,由谷歌DeepMind和Isomorphic Labs團隊研發(fā)的最新迭代人工智能模型AlphaFold3,能以較高準確率預測蛋白質(zhì)與其他生物分子相互作用的結構,,其準確率比之前的專用工具顯著提升,。AlphaFold3能預測含有蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)銀行(Protein Data Bank)內(nèi)幾乎所有分子類型的復合物的結構,。這個最新迭代模型用計算機解析蛋白質(zhì)與其他分子復雜相互作用的能力,,將拓展人們對生物過程的理解,并有望推動藥物研發(fā),。該論文介紹,,AlphaFold首次于2020年問世,它和迭代版AlphaFold2能根據(jù)蛋白質(zhì)的氨基酸(蛋白質(zhì)的基本成分)序列預測其3D結構,。之后的AlphaFold-Multimer推動了對蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)復合物的預測,。不過,擴大單一深度學習模型能預測的復合物范圍一直很難,,因為不同類型的特異性相互作用差異太大,。論文共同通訊作者、谷歌DeepMind的John M. Jumper和同事等研究認為,,在AlphaFold2模型的深度學習架構和訓練系統(tǒng)的大幅提升下,,如今可以對一個統(tǒng)一框架內(nèi)大量生物分子系統(tǒng)的結構進行更準確的預測。AlphaFold3能預測蛋白質(zhì)與其他蛋白質(zhì),、核酸,、小分子、離子,、修飾蛋白質(zhì)殘基的復合物,,以及抗體-抗原相互作用。預測準確性顯著超過當前預測工具,,包括AlphaFold-Multimer,。論文作者也指出AlphaFold3存在一些局限性,比如約4.4%的結構會出現(xiàn)不正確的手性(一種對稱特性),,或是幻覺導致“飄帶”(一種常見的蛋白質(zhì)二級結構元素)的出現(xiàn)減少,。他們表示,人工智能模型后續(xù)模擬準確率的進一步提升,,還需要生成一個很大的預測集并對預測結構進行排序,而這會產(chǎn)生額外的計算成本,。(完)
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